Program Studi Magister Biosain Pascasarjana UNS berdiri berdasarkan Surat Keputusan Dirjen Dikti Nomor 4216/D/T/2004, tanggal 27 Oktober 2004 serta mendapatkan ijin perpanjangan dengan SK perpanjangan ijin operasional penyelenggaraan Program Studi Magister Biosain Pascasarjana UNS pertama tertanggal 17 September 2008 dan ijin perpanjangan kedua dengan SK perpanjangan ijin operasional penyelenggaraan Program Studi Magister Biosain Pascasarjana UNS tertanggal 20 April 2011. Program ini merupakan salah satu Program Magister yang ada di Pascasarjana UNS dengan alamat JI. Ir. Sutami 36A Surakarta. Kegiatan akademik Program Studi Magister Biosain Pascasarjana UNS dimulai tahun ajaran 2005/2006.
Program Studi Magister Biosain Pascasarjana UNS dibuka untuk memberikan kesempatan kepada para sarjana dari berbagai jurusan berbasis Biologi untuk mengembangkan kemampuan teoritik maupun aplikatif di berbagai bidang terkait. Kebutuhan akan tenaga peneliti yang profesional serta mampu mengikuti perkembangan IPTEKS terkini merupakan faktor utama yang memotivasi dibukanya Program Studi Magister Biosain guna mencetak sumberdaya manusia unggul dalam pemanfaatan, pelestarian dan pengelolaan sumberdaya hayati secara berkelanjutan. Program ini lebih menekankan pada kajian tentang biodiversitas level genetik dan spesies, terutama melalui pendekatan biologi molekuler.
Lulusan Program Studi Magister Biosain diharapkan dapat menjadi peneliti handal yang memiliki keunggulan dalam penguasaan konsep dan keterampilan pengembangan profesionalisme dalam menghadapi dan memecahkan masalah berbasis sumberdaya hayati ke depan, serta mempunyai kesiapan yang cukup untuk mengikuti program pendidikan yang lebih tinggi (S3). Kegiatan perkuliahan dilaksanakan secara variatif dan terpadu dengan didukung oleh posisi geografis yang kaya keragaman hayati, lingkungan sosial dan sejarah peradapan yang tinggi, sarana dan prasarana laboratorium modern, ketersediaan jurnal sebagai referensi utama, tenaga pengajar dan peneliti yang kompeten di bidangnya serta jalinan kerjasama yang luas.