Program Studi Magister Ilmu Fisika, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Sebelas Maret (UNS) berdiri berdasarkan SK Dirjen Dikti Nomor 2360/D/T/2008. Sedangkan kegiatan akademik dimulai pada tahun akademik 2008/2009 dengan jumlah mahasiswa angkatan pertamanya 12 mahasiswa. Sampai akhir tahun ajaran 2018, Program Studi S2 Ilmu Fisika sudah meluluskan lebih dari 100 mahasiswa dan sudah bekerja di berbagai lembaga khususnya di dunia pendidikan.
Saat ini, Program Studi Magister Ilmu Fisika memperoleh pengakuan dalam hal pengelolaan Program Studi dengan peringkat akreditasi A berdasarkan Keputusan BANPT No. 2612/SK/BANPT/Akred/M/VIII/2017 untuk periode waktu 1 Agustus 2017 sampai dengan 1 Agustus 2022. Hasil PEPA BAN PT, berdasarkan SK BANPT No.: 179/SK/BAN-PT/Ak.Ppj/M/I/2023, peringkat akreditasi A diperpanjang hingga 2 Agustus 2027.
Program Studi Magister Ilmu Fisika saat ini menjalankan pendidikan berbasis capaian (Outcome Based Education/OBE) dengan capaian pembelajaran lulusan mencakup sikap, pengetahuan, ketrampilan umum dan ketrampilan khusus, sesuai dengan Kerangka Kualifikasi Nasional Indonesia (KKNI) Program Magister level ke 8 (delapan). Sedangkan minimal konten pembelajaran mengadopsi keputusan Physical Society of Indonesia (PSI).
Program Studi Magister Ilmu Fisika UNS ini memberi bekal yang kuat dalam pendalaman materi sebagai pijakan guna jenjang Doktoral. Sehingga MK penguatan keilmuan fisika seperti Mekanika Klasik, Mekanika Kuantum, Fisika Matematika, Thermodinamika dan Statistika mewarnai dalam perkuliahan tahun pertama. Sedangkan satu tahun terakhir adalah waktu penyelesaian Tugas Akhir.
Saat ini, pada Program Magister Ilmu Fisika UNS terdapat tiga kelompok bidang keminatan keahlian yaitu: (1) Fisika Teori dan Partikel, (2) Fisika Material: Elektronik dan Fotonik, dan (3) Fisika Medis yang menjadi “pesantren” dalam penyelesaian penelitian tesis.