Sejarah berdirinya S2 Ilmu Fisika berawal dari tuntutan kebutuhan peningkatan kualifikasi fisikawan dan pendidik fisika dari masyarakat khususnya di Jawa Tengah dan sekitarnya. Sedangkan pada waktu itu, program pascasarjana Ilmu Fisika baru ada di universitas besar seperti Universitas Gadjah Mada (UGM), Universitas Indonesia (UI), Institut Teknologi Bandung (ITB) dan Institut Teknologi Sepuluh Nopember Surabaya (ITS). Selain itu, didukung oleh staf dosen yang berkuaifikasi Doktor serta capaian akreditasi A program studi S1 Fisika dari BAN PT. Sehingga PS S1 Fisika menginisiasi dengan membentuk Tim pendirian Program Studi S2 Ilmu Fisika.
Program studi S2 Ilmu Fisika berdiri berdasarkan SK Dirjen Dikti No. 2360/D/T/2008 dibawah pengelolaan Program Pascasarjana UNS dan kegiatan akademik baru dimulai pada tahun ajaran 2008/2009. Prodi S2 Ilmu Fisika PPs UNS terakreditasi pertama kali pada tahun 2012 dengan peringkat B berdasarkan Keputusan BAN-PT No. 002/BAN-PT/Ak-X/SZ/V/2012. Re-akreditasi berikutnya pada tahun 2017, PS Magister Ilmu Fisika memperoleh peringkat A berdasarkan Keputusan BAN-PT No. 2612/SK/BAN-PT/Akred/M/VIII/2017 yang berlaku sejak tanggal 1 Agustus 2017 sampai dengan 1 Agustus 2022. Hasil PEPA BAN PT, PS Magister Ilmu Fisika peringkat akreditasi A diperpanjang hingga 2 Agustus 2027 berdasarkan SK BANPT No.: 179/SK/BAN-PT/Ak.Ppj/M/I/2023. Berdasarkan Keputusan LAMSAMA Nomor 116/SK/LAMSAMA/Akred/M/V/2025 tanggal 22 Mei 2025, PS Magister Ilmu Fisika memperoleh peringkat akreditasi “UNGGUL” periode 22 Mei 2025 sampai dengan 21 Mei 2030.
Sejak tahun 2019, Pengelolaan Program Magister Ilmu Fisika dikembalikan ke rumpun keilmuan di Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA) Universitas Sebelas Maret. Namun demikian, proses penjaminan mutu masih mengikuti sistem yang ada di Program Pascasarjana Universitas Sebelas Maret. Saat ini, pada Program Magister Ilmu Fisika UNS terdapat tiga kelompok bidang keminatan keahlian (KBK) yaitu: (1) Fisika Teori dan Partikel, (2) Fisika Material: Elektronik dan Fotonik, dan (3) Fisika Medis plus KBK Geofisika (dimulai dalam tiga tahun terakhir) dengan sokongan 11 grup riset yang menjadi “pesantren” dalam penyelesaian penelitian tesis. Sebagai “santri” di pesantren “Grup Riset“, mahasiswa memperoleh secara “free” semua kebutuhan penelitian meliputi bahan penelitian termasuk kemikalia, biaya karakterisasi dan juga desiminasi hasil penelitian dalam seminar internasional dengan prosiding terindeks scopus maupun publikasi pada jurnal internasional bereputasi.
Sejak berdiri kurang lebih 2 dekade yang lalu, Program Magister Ilmu Fisika telah meluluskan kurang lebih 100 alumnus yang tersebar ke seluruh Indonesia, yaitu dari Pulau Sumatra sampai dengan Maluku. Luaran publikasi mahasiswa lebih dari 100 paper terindeks scopus dan beberapa paten diperoleh dari tim peneliti Dosen. Sebagian besar profesi alumnus adalah Dosen di berbagai perguruan tinggi di Indonesia, Pendidik dan/Guru dan peneliti di lembaga riset BRIN. Sebagian lagi, alumnus sebagai entrepreneurship di bidang akademik meliputi pengelolaan seminar, pengelolaan jurnal. Akhirnya, sebagian kecil alumnus bekerja di Industri khususnya perusahaan IT.
Tagline kami, Fisika Sekarang, Teknologi di Kemudian hari. Membuka potensi anak bangsa dari segala penjuru negeri !