Program Magister Ilmu Lingkungan UNS berdiri berdasarkan Surat Keputusan Dirjen Dikti Mendikbud RI No. 161/DIKTI/Kep/1998 Tanggal 3 Juni 1998. Program Studi ini mengawali kegiatan akademik pada tahun 1998/1999 dengan staf pengajar berjumlah 20 orang dan bergelar guru besar serta doktor dalam berbagai bidang keahlian yang terkait dengan Ilmu Lingkungan. Calon mahasiswa Program Magister Ilmu Lingkungan telah memiliki gelar Sarjana (S1) atau Diploma 4 dari Perguruan Tinggi yang terakreditasi minimal B. Mengingat bahwa Program Magister Ilmu Lingkungan merupakan Program Studi berbasis multi/ inter disiplin, maka bagi mereka yang telah diterima diwajibkan mengikuti matrikulasi sebagai sarana penyamaan persepsi dalam memahami/ mendalami Ilmu Lingkungan.