Program Doktor (S3) Ilmu Pertanian memiliki struktur organisasi dan sistem penjaminan mutu jelas. Proses peneyelenggaraan kegiatan akademik telah ditopang oleh dokumen mutu yang sangat lengkap sesuai yang dipersyaratkan Dikti, seperti Buku Panduan Akademik, SOP penyelesaian disertasi, termasuk kewajiban publikasi dalam jurnal ilmiah internasional, dan Buku Panduan Penulisan proposal disertasi dan disertasi, serta buku catatan kegiatan penelitian. Setiap mahasiswa juga wajib memiliki dan mengisi buku kegiatan akademik, yang menjadi salah satu instrumen monitoring kegiatan mahasiswa. Sementara itu, kegiatan keadministrasian Progam studi didukung oleh sistem mutu berdasar standar ISO 900:2008 yang diberlakukan bersama di seluruh unit kerja UNS, sejak tahun 2013. Evaluasi kepuasan pelanggan dengan form yang telah dibakukan, baik kepada mahasiswa, dosen, dan pengguna lulusan telah dilakukan secara terus menerus. Hal tersebut menjadi faktor kekuatan Prodi Ilmu Pertanian PPs UNS untuk menerapkan sistem mutu yang baik.
